本學程設有三大主修領域：歷史、文學與哲學，並要求所有學生修習跨領域課程，以培養多元的學術視野。每位學生須由兩位指導教授共同指導，分別來自中央研究院及其合作大學。
在通過資格考試之前，學生需完成教育部規定的最低學分要求，並依據自身研究主題，邀請4至5位教師組成「論文指導委員會」，該委員會須包含來自不同領域的教師。學生的資格考科目設定與命題，以及博士論文開題考試，皆由「論文指導委員會」負責。
本學程規定學生必須在博士班第三年（博三）以前完成資格考，未能如期通過者將停止獎學金發放。此外，學生亦需接受第二外語與第三外語的訓練，具體語種與能力要求則由指導教授根據研究主題決定。